Untuk mewujudkan visi tersebut, MIN 12 Jakarta Timur menetapkan misi sebagai berikut:
- Menyelenggarakan pendidikan yang mengintegrasikan nilai-nilai iman dan taqwa melalui pembiasaan ibadah, akhlak mulia, dan toleransi antarumat beragama.
- Melaksanakan pembelajaran aktif, inovatif, kolaboratif, dan berorientasi pada pengembangan kemampuan berpikir tingkat tinggi (HOTS) untuk mencerdaskan peserta didik.
- Memfasilitasi pengembangan minat dan bakat peserta didik melalui beragam kegiatan ekstrakurikuler guna menumbuhkan kemandirian dan keterampilan hidup (life skills).
- Mengintegrasikan pendidikan lingkungan hidup dalam kurikulum dan membiasakan perilaku ramah lingkungan di madrasah (seperti efisiensi energi, pengelolaan sampah, dan penghijauan).
- Membekali peserta didik dengan kemampuan literasi, numerasi, sains, dan digital, untuk menjadi warga dunia yang kompetitif.